FEDES contó desde sus inicios hasta el 2013 con el apoyo humano, financiero y material de agencias de cooperación internacional como: Fundación AVINA, Federación Luterana Mundial, KFB ( mujeres Katolicas Austria), Trocaire Irlanda, Terre Des Hommes (Alemania) Plataforma Diakonia, Comisión Unión Europea- MLAL Italia, Misereor, Agir, War Child Holanda, la Secretaria de Educación Distrital de Bogotá entre otros. Actualmente financia sus proyectos con recursos propios y donaciones privadas.